孙传庭为人直率，他对当时的国策和朝政很不满，所以一直在上疏请求面见崇祯。在奏疏中，他直言：“今日之事，臣不能，谁为能者？臣不任，谁肯任者？……独是向来悠悠忽玩，夸张诞妄，虚廿余年岁月，糜几万万金钱，而秋毫罔绩，遗忧君父者何人？”已经入阁的兵部尚书杨嗣昌看到这些语句，认为孙传庭是在批评自己，加上当时京城盛传孙传庭将要取代杨嗣昌，于是他扣下孙传庭的奏疏，阻止陛见。
受此刺激，加上常年征伐劳累，孙传庭突然发病，病情一度严重到让他不能正常办公。
痛苦煎熬中的孙传庭，却不能获得朝廷体恤。朝中大员因为权斗，互相攻击，还把他拉下水。内心骄傲的孙传庭难以接受被人诬告，再次上疏自求罢免。崇祯这次接到他的奏疏，不仅不同情，还怀疑孙传庭装病。
崇祯随后命令兵部派人去核查孙传庭到底是真病假病。兵部核查后，回报孙传庭确实发病了。他还不放心，继续派出御史杨一儁，去复查孙传庭的病情。
恰在此时，又有人诬告孙传庭。杨一儁查明孙传庭病情属实后回报，却未将孙传庭被告之事上报。崇祯因此十分恼怒，上纲上线，下旨申斥孙传庭“托疾规避，显属欺罔”，还说孙传庭面对诬告的辩解之词是“泄愤”，是孙传庭与杨一儁合谋欺骗他。一个皇帝的无情而多疑，到了此等地步！