“北京人”已毁坏了吗
据说，“北京人”头盖骨化石被发现之后，最初保存在北京协和医院的地下保险库内，当时日军突然发动战争，“北京人”头盖骨化石还没有来得及转移，医院就被日军占领，
就连协和医院的院长和负责转移化石的美国海军陆战队队员也成了俘虏。所以有学者认为，“北京人”头盖骨化石很有可能就在那个时候被日军毁掉了。
但也有科学家抱着乐观的态度，他们认为“北京人”头盖骨化石在日军侵占医院之前就已经被转移，日军很有可能是在天津劫掠了运输化石的火车，将化石带到了日本，但具体在什么地方就无从查起了。
随运输船舰沉于海底了吗？
有的考古学家认为，“北京人”头盖骨化石已随着运输的船舰沉没于海底。
1945年3月28日，被日军征用的“阿波丸”号在从新加坡驶向日本的途中，在中国福建省牛山岛以东海域被美军潜水舰击沉，与“阿波丸”号一起沉入海底的据说还有2008名乘客、40吨黄金、12吨白银、大批的珠宝和文物……有人曾称“北京人”头盖骨化石就在日本沉船“阿波丸”号上。