吕纂的叔叔征东将军吕方当时镇守广武,吕纂派人对他说道:“吕超忠勇,值得赞扬,请他以大局为重,如果他能回心转意,我们将冰释前嫌。”吕方把吕纂的意思传达给了吕超,吕超向吕纂表达歉意,吕纂恢复了他的爵位。
不久吕纂和吕弘也反目了,吕弘率军攻打吕纂,但被击退。吕弘准备投奔南凉,正好路过广武,就去看望叔叔吕方。吕方知道如果放走吕弘,自己全家就得被灭,他哭着对吕弘说道:“天下之大,你却偏偏到了我这里。”他命人把吕弘押到监牢,派人给吕纂送信,吕纂派勇士康龙前来。康龙到广武后,把吕弘的胸骨打碎,用残酷的方式处死了他。
吕纂立妃子杨氏为皇后,任命岳父杨桓为尚书左仆射、凉都尹。
隆安四年(400)三月,吕纂率军进攻南凉。前一年,南凉武威王秃发乌孤因为醉酒跌落马下,摔伤了肋骨,不治去世,他的弟弟秃发利鹿孤继位,把首府迁到了西平(今青海西宁市)。秃发利鹿孤派弟弟秃发傉檀率军抵抗吕纂,秃发傉檀是员猛将,把后凉军打得大败,杀死了两千多人。