先是国会续开常会之后，因莫荣新不发经费，又派兵围搜两院秘书厅。于是八年十一月二十四日，两院联合会议之后，都纷纷离去广州。九年四月，参议院议长林森，副议长王正廷，众议院议长吴景濂，副议长褚辅成通电：
……岑总裁春煊，自就任后，即……阴谋苟和。……三月真日，致电唐总裁继尧，竞以北方数省督军提出解决时局之办法五条，征求同意。其条件：首列解散国会，创造省议会联合会。次为西南取销自主。……即相继离粤，另择地点，继续开会。
又电：
军政府之职权行使，依《军政府组织大纲》，由国会选举总裁七人，组织合议制之政务会议行之。兹孙总裁文、唐总裁绍仪驻沪，亦无代表出席；唐总裁继尧，于二月已准其列席政务会议之代表赵藩辞职；伍总裁廷芳，又于三月二十九日离粤；是自三月二十九日始，政务会议，已不足法定人数。所有免伍廷芳外交财政部长等职，及其他一切事件，概属违法行为；当然不生效力。至军政府外交财政两部，只认伍廷芳为合法之部长；一切外交财政事宜，仍应由伍总裁兼部长负责。
而留粤议员，于五月初四日，补选熊克武、温宗尧、刘显世为总裁。
六月初三日，孙文、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧宣言：
……兹已共同决议。移设军府，……自今以后，西南护法各省区各军，仍属军政府之共同组织。对于北方，仍以上海为议和地点；由议和总代表，准备开议。